K.Y Mustafa pernah dilantik sebagai Ahli Lembaga Pengarah Universiti Malaysia Sabah bermula dari tahun 2000 hingga 2007. Setelah tujuh tahun berkhidmat sebagai Ahli Lembaga Pengarah Universiti Malaysia Sabah beliau kemudianya dilantik sebagai Pengerusi Universiti Malaysia Malaysia Link Holding Sdn. Bhd bermula dari tahun 2007 hingga 2013.

Pada 1 Ogos 2017 , K.Y Mustafa telah dilantik sebagai Pengerusi Lembaga Pengarah ( BoD ) Kolej Universiti Yayasan Sabah ( USCF ) dan atas komitmen serta tanggunjawap beliau dalam sektor pendidikan pada 1 November 2018 beliau telah dilantik sebagai Pengerusi Lembaga Pengarah Universiti Malaysia Sabah[10].

Namun pada 1 Ogos 2019 beliau telah meletakkan Jawatan sebagai Pengerusi Lembaga Pengarah Universiti Malaysia Sabah[11].